リストアまで試してないけど、バックアップはできたっぽい。
参考元: http://blog.shiten.info/2009/03/esxi.html
いまのvSphere CLIは、vicfg-XXX.plではなくesxcfg-XXX.plといったコマンド名になっているため、そこを読み替えただけ。
対象のESXi環境はVMware ESXi 5.0.0 Build 623860(たぶんUpdate1)。vSphere CLIは…今確認したら4.1だったわ(A`

> esxcfg-cfgbackup.pl -server <ESXiのIPアドレス> -s <ファイル名>.tar.gz

ファイルはtar.gz形式で出力されるようなので、そんな拡張子を付けておくとよさげ。
んで、これがちゃんとリストアできるかどうか、だなー。